Симптомы лямблиоза у кошек и собак чаще всего неявны и проявляются в виде несущественных кишечных расстройств или общего недомогания. Лямблии также способны вызывать энтероколиты, сопровождающиеся продолжительной (в течение недель и даже месяцев) зловонной водянистой диареей. Известно, что Giardia canis вызывает диарею у 30% зараженных собак, а патогенность вида Giardia cati не изучена. У инфицированных кошек отмечали диарею, у собак рвоту, копростаз, анорексию. Лямблии могут становиться причиной хронического дуоденита. Болеют чаще молодые кошки и собаки. Обычно у инфицированных животных аппетит не меняется, но вес может снижаться. В зависимости от степени заражения, лямблии оказывают токсическое влияние на весь организм в целом. В кишечнике лямблии нарушают процесс нормального пищеварения, снижают всасывание питательных веществ, повреждая клетки кишечника. Большие количества этого паразита, покрывая обширную поверхность стенки тонкого кишечника, нарушают моторную и секреторную функцию кишечника. Происходит раздражение эпителия кишечника.